L’Istituto Caravaggio nasce dalla fusione di tre istituzioni scolastiche presenti sul territorio di San Gennaro Vesuviano aventi origini diverse:
Il Liceo Artistico, nasce nel 1989 come sezione staccata dell’Istituto d’Arte “Giorgio de Chirico” di Torre Annunziata. Subito raccolse consensi e adesioni e le iscrizioni aumentarono al punto da consentirle di acquisire l’autonomia nell'anno scolastico 2000-2001. Nel 2009 il Collegio dei Docenti decise di intitolare la nuova istituzione al “Caravaggio”. Dall'anno scolastico 2010-2011, per l'applicazione della riforma della scuola media superiore, l'stituto d'Arte è confluito nel nuovo indirizzo del Liceo Artistico.
Il Liceo Scientifico ha iniziato il suo percorso nell’anno scolastico 2008-2009 in risposta all' esigenza del territorio cittadino di ospitare un'istituzione scolastica secondaria di secondo grado ad indirizzo scientifico.
L’Istituto Agrario nasce nel 1963 come sede coordinata dell’Istituto Agrario “Filippo Silvestri” di Napoli. Nell’anno scolastico 2009-2010 per il Piano nazionale di dimensionamento delle istituzioni scolastiche, entra a far parte dell’I.S. “Caravaggio”.
Lo storico dei dirigenti scolastici incaricati:
Dal 2000 al 2001 Prof. Sperandeo Domenico
Dal 2001 al 2002 Prof.ssa Amodeo Carolina
Dal 2002 al 2009 Prof. De Stefano Sabatino
Dal 2009 al 2019 Prof. ssa Perez Maria Rosaria
Dal 2019 al 2023 Prof. Strocchia Carmine
Dal 2023 ad oggi Prof. ssa Cortese Annarita